俗话说“三分药剂，七分管理”，可见制定中央空调运行管理的指标和方法也十分重要。搞好中央空调的水处理运行管理，无非是为了防垢、防腐、杀菌、灭藻，延长设备使用寿命。
1.防垢、防腐
对于防垢、防腐，应选用先进的水处理药剂，确保设备不结垢、无腐蚀。
2.杀菌、灭藻
中央空调的制冷系统一般在炎热的夏季运行，不光冷却塔塔盘内易滋生细菌和藻类。因此在南方大多数单位都在定期投加杀菌灭藻剂。目前市面上常用的杀菌灭藻剂都具有氧化性（也有无氧化性的），因此对铁系统都有腐蚀作用，长期投加会对系统造成腐蚀，用户在选择杀菌灭藻剂时要注意。
杀菌灭藻是被动做法，如果我们在选择防腐阻垢剂时，选择能抑制细菌和藻类生长的药剂，则会起到多重功能的目的，这样就可以不投或少投杀菌灭藻剂。而水系统中即无垢、无腐蚀，也不长细菌和藻类，整个水系统无任何杂质，做到运行中节电20％以上。
3.调节控制空调水系统的PH值
空调水系统中既有铜又有铁，做到使二种金属都得到保护，这就应该控制系统水的PH值在9～9.9之间，因为铁的钝化区在PH值9～13，铁喜碱性介质，而铜怕碱，当PH值达到10时，铜开始受腐蚀，故在铜与铁都共存的水系统中，要严格控制pH值在9～9.9（最好9.0～9.9）。这样做还有利于抑制细菌和藻类生长。
搞好中央空调水处理并不难，只要设计安装合理，选择药剂先进、运行控制合理，就可以很好完成中央空调的水处理工作。