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IPPV和CPAP可使肾血流量、肾小球滤过率和尿量减少，CPPV则更严重。但对尿钠排出、游离水和渗透压的影响则不一致。分析机械通气影响肾功能的原因有以下三方面：
（一）肾脏血流动力学的改变
肾脏血流主要决定于全身血流动力学变化，机械通气可使CO减少和血压降低，脉压差缩小，肾脏血流灌注也减少。由于静脉压增加，肾静脉压也上升，总肾血流量减少同时伴有肾内血流重新分布，最终肾功能减退。
（二）肾脏神经功能的改变
机械通气可影响肾交感神经活动，肾血管运动张力和肾素释放。肾脏神经是压力反射弧的传出部分，通过主动脉弓和颈动脉窦压力感受器，在CPPV期间，参与抗利尿和抗排钠的作用。
（三）激素水平的变化
机械通气时，血浆中抗利尿激素、肾素和醛固酮水平升高，抗利尿激素受渗透压调节，并具有缩血管作用。肾素与肾脏神经刺激和肾灌注压降低有关，血浆醛固酮水平上升是继发于肾素和血管紧张素的释放增加。上述三种激素血浆水平升高，均能减少尿液生成和排出。
对中枢神经系统的影响
机械通气对中枢神经系统的影响，首先表现在正压通气后肺泡扩张，刺激了肺的牵张感受器，通过传入神经，抑制吸气。因此，尤其是潮气量较大时，可致自主呼吸停止。与此同时，脑血流（CBF）和颅内压（ICP）也能发生变化。脑血管对PaCO2变化十分敏感，通气不足时CO2潴留，脑血管扩张，CBF增多；过度通气时CO2排出增加，PaCO2降低，脑小动脉收缩，CBF减少，甚至可出现眩晕和昏厥等缺血性改变。用PEEP时，特别是高水平PEEP（大于20cmH2O），头部静脉受阻，静脉压上升，血液淤积在头部，脑容量增多，ICP升高。
对消化系统的影响
文献报告，应用正压通气治疗超过3天，有近40%病人出现胃肠道出血，主要原因是机械通气妨碍了下腔静脉的回流，下腔静脉淤血、门脉压升高、胃肠静脉淤血，其结果就可能诱发消化道出血、应激性溃疡等。对原有门脉高压和食管静脉曲张的病人，更应警惕消化道出血的发生。同样，如果机械通气的正压使中心静脉压升高明显，也能加重肝脏的淤血，影响肝脏的功能。此外，正压通气还可引起胃扩张。