（一）应选择有信誉的代理记账机构
目前社会上的代理记账机构众多，但部分代理机构没有代理资质或综合素质不高、管理水平较低，因此小企业选择时要“货比三家”，聘用业内信誉好、服务质量高的正规的代理机构。
（二）应与代理记账机构签署委托合同
由于小企业代理记账涉及的金额不大，或通过熟人介绍代理记账机构，部分代理记账机构为减少缴纳税款与企业只是口头协议代理记账的内容，不签合同，不开正规发票。对于任何经济合同企业都要规范双方的权利义务和责任，以及纠纷解决办法，以保证企业的合法权益和代理记账业务的顺利进行。
（三）应注意规避会计资料风险
在市场竞争激烈的今天，企业的很多资料是商业秘密。企业委托代理记账时，将会计资料提供给代理记账机构，在解决了财务方面问题的同时，又有可能面临企业部分商业秘密的泄露。一旦泄露给竞争对手企业将面临损失或失败。因此，企业应通过严密的合同或其他方式避免代理记账机构泄露客户商业秘密的风险。
（四）避免与代理记账机构串通偷税漏税
由于利用专业记账机构可以进行税收筹划，在合理范围内达到避税效果。但目前代理记账机构良莠不齐，为争抢客户资源与企业串通恶意偷税漏税。最终将既会损害国家利益，企业也将会受到处罚。双方规范自己的财务行为同时，税务部门应加强对代理记账机构的审查，以便代理记账行业有序健康发展。
为了促使小企业会计核算逐步走向规范化，促进小企业快速发展减少税收流失，政府部门还应加大宣传力度，工商财税部门联合起来对应设账的小企业加强管理以规范会计管理工作，提高会计信息质量从而规范纳税管理。随着社会的发展时代的进步，代理记账将会对小企业的发展起到重要的作用并将会受到越来越多小企业的青睐。