荧光定量PCR仪比普通的PCR仪多了荧光信号采集系统和计算机分析处理系统，实时荧光定量PCR仪主要是用来定量分析和确定基因转录水平的，而普通的PCR仪是做定性分析和扩增基因片段，定量PCR仪可以做普通PCR仪的工作，而反之就不行了，况且这样代价太大了，一般的实验室都不允许这样做的。总之两者的功能不能互相取代。
普通的基因扩增仪(PCR仪)只能够定性地分析是否存在目标片段。但是价格要低很多，而且运行成本也要低很多。不过不能直接得到扩增结果，还需要做电泳检测。实际中检测遗传疾病，品种分子标记筛选，甚至亲自鉴定等都可以由普通PCR仪完成。
但是，某些需要定量的实验就必须用到实时定量PCR了。比如检测某些病原物的数量(血液乙肝病毒复制程度)，特定基因的表达量(比如结合反转录做的RNA定量分析)，某些基因在染色体组中拷贝数(以前往往使用southern blot技术)等等。荧光定量PRC一般不需要对扩增产物进行电泳分析，操作相对简单些，但是耗材实在是贵。
简单来说，看有没有用普通PCR仪，看有多少用荧光定量PCR 。基因扩增仪只能扩增，不能检测，便宜。荧光定量PCR仪除了扩增，还能在扩增的同时检测DNA发出的荧光信号，试剂和仪器都更贵。