第二方审核是由顾客对供方进行的审核。审核结果通常作为顾客采购的决策依据。
第二方审核时应先考虑采购产品对最终产品质量、环境、健康安全或使用的影响程度后确定审核方式、范围，还应考虑技术与生产能力、价格、交货及时性、服务等因素。
常见第二方审核方式有：采购产品管理体系审核、采购产品质量/安全审核、采购产品过程质量审核和采购产品特殊要求审核等。
第二方审核范围由审核方式决定，可以包括与采购产品有关的所有过程、场所、部门。
第二方审核的典型方式是、ISO14001环境管理体系和准被列入供应链中，其基本流程如下：
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1、供方调查比选
第二方应先调查市场上所有同类产品的供方，并进行初步比选。比选时应考虑产品质量、环保、安全、价格、交货期、声誉、服务、技术和生产能力等因素，比选后，至少确定两家以上同类产品的供方。
2、确定体系审核标准
根据采购产品的要求及供方状况，参照选定管理体系标准要求，制定管理体系审核标准，该标准应经第二方的分管领导批准。
3、通知供方
第二方应将体系审核标准及要求通知供方，并留足够时间让其准备。供方表示接受后，第二方成立审核组，编制审核计划，准备表格、记录等工作文件。必要时派入帮助供方建立体系。
4、实施现场审核
第二方按照审核标准和计划到供方处进行现场审核。
5、提交审核报告
现场审核结束后，应提出审核报告，报告中应对供应方作出审核结论。审核结论有合格、待定、不合格三种。
6、采购（签订合同）决策
经审核评定为合格的，可发出订单或签订采购合同；评定为待定的，经整改审核符合后再发出订单或签订采购合同；评定不合格的，不发订单或不签订合同，但应说明理由，并向其提供审核报告。
7、确定控制类型
对合格的供方，第二方应确定控制类型，并实施跟踪审核或派人现场监控。
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