组织在运行体系的过程中应不断完善各项核心要素的功能，提高环境管理水平，包括环境因素的识别与评价的不断深化、组织机构与职责的不断完善、培训内容的不断深化与扩展、运行控制与应急响应程序的不断完善、加强体系运行的监督检查、环境管理体系审核的不断强化等。另外还要做好以下5个方面的评价工作：
1.1 法规适用性评价
标准特别强调对法律法规的符合程度。实施ISO14001系列标准，要以中国的环境法律、法规以及各级政府部门有关环境保护的决定为依据。如果组织对自己适用的法律法规不清楚，就谈不上遵法守法了。组织在建立体系时会收集几百部甚至上千部法律法规，对其进行筛选和评级后得到适用于该组织的环境管理的法律法规、相关的规范性文件和各有关部门的其他要求的文件等。但是这项工作不是就此完成，在运行阶段则要更加注意对法规适用性进行评价。法律法规不断在更新修订，不断出现新版本和新条例条款，组织的生产范围也在改变。所以组织也要加强内部和外部交流，注意跟踪收集、评审现有法规的有效性，清理不适合的法规，通过多种途径获取新的版本和适用于组织目前的新的法律法规。
1.2 目标指标和管理方案验收性评价
环境目标指标和管理方案（实质控制）是对重要环境因素实施控制的主要形式。目标指标和管理方案的类型通常有；改善型、管理型和监控型。不管是哪种类型，都围绕着重要环境因素，对目标指标和管理方案进行验收，目的就是看对重要环境因素的控制情况。如果制定不合理、实施不到位、人财物没有合理投入，那么方案就失败，目标就落空。所以验收性评价月是关键，发现问题才能解决问题，才能重新制定合理准确的目标指标和管理方案，以实现体系的持续改进。
1.3 文件适宜性评价
组织建立环境管理体系时编制了一套程序文件，但是运行时会发现实际情况或许与当初设想的有出入；又或者组织机构和职责因有调整而发生变化，对这些情况都应该即使作出相应的文件评审和修改。如审核时发现有组织建立体系之后部门有所调整，但相关的教育培训程序文件却没有更新，组织缺少对应急准备和响应演戏后的文件适用性评价，使得程序文件流于形式，成为一纸空文。ISO14001是个文件化的体系，它强调是文件的适宜性、符合性和可行性，并要体现出其充分性和有效性，因此文件要适合组织自身的特点，与时俱进，不断提高组织的管理水平和改善运行机制。
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1.4 应急准备和响应措施适用性评价
组织往往缺少对应急准备和响应措施的适用性评价和评定。应急准备和响应是对潜在的重要环境因素控制的一种特定形式，ISO14001标准中的其他要素都是围绕重要环境因素来开展管理活动的。潜在的重要环境因素如火灾事故、防汛防台（风）、化学品使用及高温高压设备的使用等，只有不断对应急措施作出修订和完善，才能减少事故发生后造成的环境影响。比如一个企业车间很大，放有很多纱布等易燃物品，存放在火灾的隐患，却发现车间里只配备了两和灭火器，还放在不显眼的角落，这样对事故的发生就不能进行很好的响应。事故的发生概率很低，但是必须做好发生的准备，要有足够的措施来应急。
1.5 法规符合性评价
组织在进行4.5.1监测与测量时，不知道如何对监测与测量的结果进行评价，除了对运行表皮准的设定不准之外，更重要的是组织不懂所收集的法律法规如何运用，无法有效地对照法规条款来进行对体系运行情况的评价。笔者在参与一个咨询项目时，咨询专家首先将该组织适用的85部法律法规筛选后得到其中的58部重要的法律法规；然后对这58部法律法规进行内容摘要，并列粗适用的主要条款内容；再对该组织在防治水环境污染、防治大气污染、防治噪声环境污染、防治工业固废污染、防治生活固废污染、防治危险废物污染、防治化学品污染、防治新污染源污染、资源能源综合使用、节约能源、节约水资源、繁殖个突法性事故、保护生态环境、防治辐射等污染、污染源监测与管理等15个方面分别列出评价条目和所涉重要法律法规。这样，纷繁复杂的法律法规就变得条理清晰，可以运用自如了。根据条款摘编、分类和整理，组织就可以对其运行和活动进行检测，定期评价有关法律法规的遵循情况。确保所有的运行操作始终符合环保法律法规的要求，也保证了组织对遵守适用环境法律法规和应遵守的其他要求的承诺。
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