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以企业税、流转税为主的税制是造成我国制造业企业税负成本较高的重要因素。去年“营改增”试点全面铺开，有利于降低企业税负，但与服务业企业相比，制造业企业税改前一般不缴纳营业税，税改后普遍适用13%至17%的较高增值税税率，且有些生产环节难以实现销项税全额抵扣，因此可能面临税负不变甚至上升的局面。有专家建议，目前我国企业税费应该下调，税尤其重要，比如增值税，17%的税率设置应该在下一步调整中有所下降为好。
针对企业税负过高的说法，国家发改委主任徐绍史在国新办日前举行的新闻发布会上正面回应称：一些个案具有它的特殊性，不必过分解读。宏观税负问题，既要看到绝对的成本，也要看到相对的成本；既要看个案，也要看总体；既要看成本竞争力的指数，也要看构成指数的具体数值，总成本当中还有分项研究和分析，这需要做客观科学的分析来比较，全面考虑上述因素。
那么，我国企业税负情况到底如何？徐绍史认为，我国宏观税负的水平总体上并不高，我国的市场很有竞争力，依然是外资最佳投资国之一。我国也非常关注这些企业的诉求，随着以减税为主要内容的税制改革和优惠政策持续加力，税务部门组织的税收收入增幅从2012年的11.3%下降至2016年的4.8%，降低了6.5个百分点，减税效应逐步显现。
国家税务总局局长王军在日前召开的全国税务工作会议上也表示，税制改革和减税政策不仅直接降低了企业税收负担，而且助推了供给侧结构性改革和企业转型升级，有力地支持了大众创业、万众创新，对稳定经济增长和增强市场活力起到了重要的促进作用。
有中国社会科学院的研究人员撰文认为，以企业税、流转税为主的税制是造成我国制造业企业税负成本较高的重要因素。去年“营改增”试点全面铺开，有利于降低企业税负，但与服务业企业相比，制造业企业税改前一般不缴纳营业税，税改后普遍适用13%至17%的较高增值税税率，且有些生产环节难以实现销项税全额抵扣，因此可能面临税负不变甚至上升的局面。
以福耀玻璃为例，销项税上，其下游为汽车企业，而汽车挂牌需要发票，所以该公司很少取得不开票收入，基本需要全额缴纳销项税。而在进项税上，其上游原材料企业以石灰石、沙土企业为主，从这些企业很少取得增值税票，所以无法全额抵扣进项税。对福耀玻璃来说，其增值税并不能完全真正转移。
同时，还存在增值税无法转移的情况。以格力为例，其财报显示，2015年格力电器营业收入约1005.6亿元，缴税约148.2亿元，纳税与营收比为14.73%，远高于同类家电企业。有分析认为，主要原因在于格力电器主营空调的配件大部分由自己生产，这部分配件的增值税无法转移，由格力缴纳。
上述研究人员在文中表示，我国制造业企业代缴的增值税实际约有1/3无法转移，即相当于营业收入4%至6%的代缴增值税实际上沉淀为制造业企业税负。
对于一些制造企业反映税负重的问题，有不愿具名的财税专家在接受中国商报记者采访时表示，“营改增”后，影响制造业企业实际税负最关键的前提仍是能否取得专用发票或其他可抵扣凭证，并实际应用于可抵扣项目中。而实际减负程度，主要取决于企业自身的发展状况、规模大小、成本结构等，不能一概而论。最终造成有的企业可能由于自身业务、企业情况税负仍然很重。
比如，现在一些制造企业反映负担重，与制造业成本要素价格上涨，以及价格战、利润薄等因素有关。尤其是在电视机生产行业，由于竞争充分，在多项成本上涨的情况下，价格却长期处于低位，行业利润微薄，这样企业对税费本身就十分敏感。
上述财税专家表示，制造业是最先实行营业税改增值税的两个行业之一，现在反映税负有所加重的多集中在建筑业、房地产业、金融业、保险业等行业。
王军分析认为，企业的情况千差万别，出现税负波动的原因是多方面的，投资周期、资本构成、管理情况、政策熟悉程度等多种因素都会产生影响。税制改革很难做到在同一时间段内所有企业税负都是降低的。
上述财税专家建议，目前我国企业税费都应该下调，税尤其重要，比如增值税，17%的税率设置应该在下一步调整中有所下降为好。有零售企业财务人员向中国商报记者表示，其主要缴纳的是增值税、附加税、消费税、印花税，2015年税负率约为5%，对企业来说已经相当高。
“对于少数企业营改增后税负增加问题，我们一直保持高度关注。”王军介绍说，税务总局将在近期组织专门力量对税负上升企业开展分析调研，并将积极配合财政部研究完善营改增政策，及时发文解决有关政策及征管问题；另外还将持续优化服务，对重点行业和短期税负上升明显的企业开展入户辅导，帮助企业改进内部管理，用好用活“营改增”及相关税收政策。